Järgnevatel sajanditel muutus küla nimi dokumentides korduvalt. 1397. aastal on Maardu mõisa läänivalduste loetelus kirjas Turysnes, 1491. aastal Tornas, hiljem kohtab nimekujusid Der Heneste, Thusnes, Toersznest, Torszenim, Torsnim, Torsnin, Thornsem, Torsnem, Torsen, Thorsen, Thorse ja Torsenem. Alles 17. sajandil ilmub ürikutesse nimi Lepne Matz, mis viitab juba eestikeelse nime Leppneeme kujunemisele. Keeleteadlased on märkinud, et 16. sajandil muutus külanime lõpp järjest eestipärasemaks (-nim, -nem), mis peegeldab piirkonna
rootsi ja eesti segaasustust ning eestlaste osatähtsuse suurenemist. Rannarahva hulgas võis leiduda ka Soome lahe põhjakaldalt siia asunud soomlasi. On erinevaid arvamusi, mida küla algne nimetus tähendas. Nii on pakutud, et Thusnes viitab kahele merre ulatuvale neemele (thu nes või näs). Thorsnemi puhul on aga pakutud skandinaavia mütoloogiaga seost – Thori neem või ka vasarakujuline neem. Täpset nime päritolu pole teada.
Leppneeme on olnud sajandeid tihedalt seotud Maardu mõisaga ning külaelanikke kohtab sageli Tallinna ja Harjumaa keskaegsetes ürikutes. 1498. aastal osales Thusnesi talupoeg Thonies (Tõnis) koos teiste Maardu mõisa külade esindajatega Randvere vakuse kohtupidamisel. Hilisemates dokumentides on nimetatud mitmeid külaelanikke, nende seas Ivars Hante, Erick Kreydt, Heinrich, Tomas Leika, Micko Kuck, Kivinäki Mats, Olle Erichpoik, Hans Leik ja teised. Need nimed annavad väärtusliku ülevaate Leppneeme elanikkonnast ning rannakülade mitmekesisest kultuuriruumist.
Üks täpsemaid ajalooallikaid pärineb 1693. aastast, mil valmis rootsiaegne J. Holmbergi kaart. Selle järgi koosnes Leppneeme kümnest talust: Hire Thomas, Hire Sim, Melko Hin (võimalik, et Hindrek), Kylmaste Thomas, Melko Jüri, Hyllo Mattz, Suhre Thomas, Liitto Hans (võimalik hilisem Lille), Koltze David ja Raja Teno. Kaardile on märgitud ka võrgukuuride ala praeguse Võrkoja tee lõpus. Ajalooallikad kirjeldavad, et igal talul oli oma paat ja sadam – see on üks varasemaid kirjalikke tõendeid Leppneeme kui kaluriküla kohta. Talud majandasid kolmes erinevas sarases põllu- ja karjamaid ning külaelu oli tihedalt seotud merega.
1704. aasta Kaarli koguduse õpetaja Johann Zimmermanni kirikuraamat annab huvitava ülevaate küla olukorrast vahetult enne Põhjasõda. Seal eristatakse samaaegselt juba kahte küla – Lepnemmi ja Tohrsnemmi –, kus elas kokku ligikaudu 63 inimest. Lepnemmi koosseisu kuulusid Mäe, Melko, kaks Lilo talu ja Raja vabadikukoht. Tohrsnemmi alla jäid aga Hiire talud, Melko, Koltzo, Ranna ning üks popsitalu. Talude paiknemise põhjal võib järeldada, et tänapäevane Leppneeme kujunes välja eelkõige praeguse Veskineeme ja Lännemäe tee piirkonnast, samas kui Tohrsnem jäi rohkem Võrkoja tee ja Hiireotsa tee ümbrusse.
Põhjasõda ja katk
Põhjasõda ja sellele järgnenud katk tabasid rannaküla rängalt. 1725.–1726. aasta adramaarevisjoni järgi oli Leppneemes alles seitse talu ja 36 elanikku – peaaegu poole vähem kui enne sõda. 1730. aastate adramaarevisjoni järgi jäi elanike arv samaks. 1733. aastal oli külas kõigi talude peale kokku 4 hobust, 2 härga, 16 lehma ja 8 vasikat. Koormised olid määratud neljale talule (teopäevad, ½ vakka rukist ja sama palju kaera, ¼ tündrit soolatud silku, värske kala lisakoormisena); vabastatud olid metsavaht (Kolzy Mick) ja Ranna Matz.
18. sajandi hingerevisjonides kohtab läbivalt kahte Kolsi ja kahte Seppa talu ning Mikko, Hiri ja Jaani talusid. 1790. aastatel oli küla elanike arv 38 inimest, 1830. aastatel juba 68 elanikku. Suurtele taludele lisandusid väiksemad talud, lisaks müüs mõisnik maid praeguse Lännemäe tee piirkonnas ning 1899. aastaks oli külas juba 17 talu. Põhja poolt alates: Vinnuniidi, Läänemaa, Kivineeme, Mäe, Niidi, Kalda, Kopli, Jaani, Värava, Sepa, Tiigi, Liiva, Ranna, Võrkaja, Miku, Hiire ja Katku. Neemesauna talu (hilisem Kiigemäe) kuulus toona Tammneeme koosseisu.
Külaelu 20. sajandil
1919. aastal iseseisvus Viimsi vald. Vinnuniidi talu Gustav Laur aitas iseseisva Viimsi valla loomiseks vajalikke elanike allkirju koguda ja tegutses ka valla loomisega tegeleva komisjoni sekretärina. Ja kui oma vald oli asutatud, siis said 1919. aastal esimesteks abivallavanemateks Leppneeme mehed Jakob Raja Kopli talust ja Aleksander Piilberg Niidi talust. Eesti Vabariigi loomisega tuli juurde talupidamisi. Külas tegutsesid 20. sajandil eri aegadel kaks kauplust – üks Miku talus, teine oli Kopli talus.
Ei jäänud Leppneeme puutumata salapiirituse veost ega salakaupadega hangeldamisest. Seda oli tehtud tsaariajal ja see hoogustus uuesti 1920.–1930. aastatel. Nii veeti piiritust pealinna kui ka toodi salakaubana näiteks mandariine. Salakaubaveo vastu mehitati mitmesse tallu piirivalve ehk randrüütlid, nagu kohalikud neid kutsusid.
1920. aastad tõid külla rannapatarei ja sellega ka uue munakivitee. Algselt Rohuneeme poole kavandatud ja tsaariajal rajamata jäänud rannapatarei kavandati nüüd Leppneeme külla Sepamäele. Aastatel 1924–1928 püstitati küla keskele Eesti Vabariigi rannapatarei nr 8, kuhu paigutati esmalt neli 150 mm Kruppi kahurit ning hiljem 152 mm kahurid. Patarei aga likvideeriti 1939. aastal ning tänapäeval annavad selle asukohast tunnistust vaid maastikul säilinud üksikud vallid ja lohud. Ühe kahuripositsiooni peal asub elumaja.
1939. aastaks oli külas juba 34 talu; sõja eel jäid välja ehitamata Kivistiku ja Kopli-Sillakivi talud.
Teine maailmasõda
Teine maailmasõda jättis külla sügava jälje. 1944. aasta sügisel põgenes Leppneemest 62 inimest ning sõjajärgsetel aastatel jäi kogu piirkond
piiritsooni. Esialgu paiknesid küla erinevates taludes sõjaväeosad (Katku, Raja, Vinnuniidi); 1955. aastal rajati Sepa talu karjamaadele piirivalvekordon. Külla rajati lisaks vaatlustorne ja kehtestati erinevaid kontrolltsoone (kalasadam).
1949. aastal asutati Liiva talus kalurikolhoos Murdlaine, mis juba järgmisel aastal liideti S. M. Kirovi nimelise kalurikolhoosiga. Leppneeme sadamasse rajati kai, võrgukuurid, kontor-klubi ja muud tootmishooned. 1970. aastal avati uus kalasuitsutustsehh ning samal ajal hakati küla lõunaossa rajama aiandusühistuid. 1970. aastal elas Leppneemes 182 inimest.
Taasiseseisvumise järel muutus ka küla ilme. Kirovi kolhoosi Leppneeme osakonnast kujunes kalandusühistu Räim, 2000. aastate alguses rajati kalasadama juurde eraldi reisisadam ning endises piirivalvekordonis avati esmalt kauplus ja seejärel seal tänaseni tegutsev Leppneeme lasteaed.
Kuigi Leppneeme on 650 aasta jooksul kandnud erinevaid nimesid, üle elanud sõjad, katkud, rannakaitserajatised ja piiritsooni aastad, on küla põhiolemus jäänud samaks. Leppneeme on läbi sajandite olnud merega seotud kogukond, kus kalapüük, sadamad ja rannarahva ettevõtlikkus on kujundanud kohalikku identiteeti. Selle järjepidevuse on loonud ja hoidnud siin elanud inimesed.
Leppneemes jalutades võib hoolikalt vaadates leida kõikjalt ajalugu – paadilautrid, kalakeldrite varemed, kiviaiad, militaarrajatised, mõrratõrvamisalad, õhitud vundamendikivid, vanad hooned, Lännemäe ajalooline külatänav jne. Leppneeme lugu ei ela üksnes arhiivides ja vanadel kaartidel, vaid ka tänases maastikus, mis kannab edasi kuue ja poole sajandi pikkust mälu.
